深圳市中科院仙湖植物园

功能介绍

平台主要分为数据浏览和管理子系统、数据处理和分析子系统以及辅助功能系统。

1. 数据浏览和管理子系统

达尔文树根据NCBI和FBG（由仙湖植物园提供）两个陆地植物分类系统，周期性地（保持每日更新）从公共数据库（如GenBank、DDBJ和EMBL）批量下载陆地植物分子数据（如rbcL、atpB、matK、nad5、matR和18S rRNA），用以作为该平台的数据源。用户可通过数据浏览版块中的树形列表或通过搜索拉丁名来浏览数据。 同时，用户还可以根据个人的具体工作需要在平台定制特定类群、特定基因序列的数据来进行搜索和下载。

2. 数据处理和分析子系统

用户可通过数据处理和分析子系统中的“创建新任务”（Evoke New Task) 来搜索拉丁名和序列号（NCBI的Accession Number），从而整合所需数据并以FASTA格式批量下载。

达尔文树为研究人员提供一个网络交互系统。这个系统可以实现网站内分子数据搜索、公共数据和自测数据整合以及多种软件的流程化分析。流程化分析的过程包括多重序列比对（Multiple Alignment)、序列编辑（Cleaning & Editing)、模型评估（Model Estimation)、系统树构建（Tree Reconstruction)和系统树可视化和编辑（Tree Visualization)等过程（图3)。同时，用户可以保存计算结果、设置和保存软件缺省参数。

另外，用户可通过“模块化处理功能”来利用自己提交的FASTA格式数据进行系统发育树的流程化构建。在整个流程化处理的过程中，用户可以暂停、重启以及关闭任务。在构树完成后，还可以下载中间过程中生成的所有文件。

3. 辅助功能系统

平台具有用户管理（User Management）、文档管理（Documentation）和在线交流（Message Board）等辅助功能系统。

管理员负责对新注册用户进行审批，并将平台功能进行分权限使用。目前，平台具有管理（admin）、协同（group）和普通（common）三种用户类型。普通用户可以进行数据浏览、整合以及系统发育树构建等功能，而上传自测数据（Submit Private Data）和文档管理（Documentation）等功能仅限管理用户和协同用户使用。同时，协同用户可在文档管理（Documentation）中上传和共享平台会议简报、反馈以及参考文献等文档。另外，为了便于系统开发人员和用户之间的及时沟通和讨论，平台提供了在线交流（Message Board）功能，利于用户及时反馈所遇到的问题和疑问。